Fue iniciado en la Masonería a los 21 años, en la Logia Integrity, nº 189, de la Gran Logia Unida de Inglaterra (GLUI), en Manchester, el 25 de octubre de 1854. El 11 de julio de 1856, es exaltado al Grado de Maestro Masón; y entra en el Cónclave Jerusalén de los Caballeros Templarios (Knights Templars), en Manchester, convirtiéndose en su Comendador entre 1862 y 1863. Posteriormente, asume el título de Vice Canciller del Gran Cónclave de Lancashire; y, en 1864, el de Gran Contestable del Gran Consejo de Inglaterra. En 1873, dejó de pertenecer a los Knights Templars.
Desde 1862, Yarker va alejándose, progresivamente, de la Gran Logia Unida de Inglaterra (GLUI), y opta por frecuentar a la Masonería Liberal y a los Cuerpos Masónicos no reconocidos por la Gran Logia Unida de Inglaterra (Fringe Masonry). Al mismo tiempo, asiste a los Altos Grados del Rito Escocés Antiguo y Aceptado (REAA); que también abandonará en 1870, al iniciar sus relaciones con los Soberanos Santuarios «irregulares».
El 10 de julio de 1871, entró en el Bristol College de la Societas Rosicruciana in Anglia (SRIA); y, en 1891, figurará como Miembro de Honor del Metropolitan College, donde se encontrará con el coronel William Wynn Westcott (1848-1925), uno de los tres fundadores de la Hermetic Order of the Golden Dawn (fundada en 1888, junto a Samuel Liddell «MacGregor» Mathers y William Robert Woodman, todos miembros de los SRIA).
John Yarker entró y trabajó en numerosas Órdenes; siendo Miembro de Honor de la Sociedad Teosófica. El 24 de noviembre de 1877, exaltará a Helena Petrovna Blavatsky (1831-1891) al Grado de «Princesa Coronada», último Grado de la Masonería de Adopción del Rito de Memphis y con certeza el de Misraïm.
En 1881, alcanza el título de Doctor en Ciencia Hermética, según la Escuela de Gérard Encausse (Papus); y, en 1893, es iniciado en el Martinismo, y Gérard Encausse (Papus) le confiere una Carta Patente para Inglaterra.
Hacia 1866, el Rito de Memphis, implantado en Inglaterra por Jacques-Étienne Marconis de Nègre desde 1850, se encuentra en sueños; pero, en 1871, Harry J. Seymour, Gran Maestro del Soberano Santuario de Memphis para los Estados Unidos, intenta despertarlo, confiriendo a John Yarker una Patente de Constitución de un Soberano Santuario de Memphis para Inglaterra e Irlanda (1872), con los Grados 33º- 66º-96º. Harry J. Seymour también le transmite los Grados del Rito de Cerneau italiano; y, tal vez, los del Rito de Misraïm. Después de ello, se fundaron numerosas Logias bajo su jurisdicción.
En 1881, poseyendo las patentes de Memphis y, con total seguridad, las de Misraïm, trabajó muy activamente para la unión de estos dos Ritos bajo la autoridad espiritual de Garibaldi; siendo nombrado "Gran Canciller de los Ritos Confederados" de la región itálica. A la muerte de Garibaldi (1882), asume el oficio de "Vice Gran Hierofante" (96º), en la administración de Degli Oddi.
Tras la dimisión de Degli Oddi, John Yarker es reconocido, el 11 de noviembre de 1902, como Gran Hierofante, Grado 97º (primero en ocupar este grado, ya que en su propuesta dividió territorialmente los Grandes Maestros Nacionales Grado 96°) quien reestructura los Rituales de Memphis y Mitzraim con claras influencias del Rito de Mountamban francés y Misraïm italiano.
La propuesta cambiaba todos los rituales de la escala 25, 33 y agregaba los grados 34 a 95 con la calidad nacional e internacional, quedando 90 grados de instrucción, 5 de oficiales en un cuerpo llamado Soberano Santuario. Las Grandes Logias hasta el 3 y los Supremos Consejos al grado 33. Se trabajarían los grados simbólicos más los altos grados 18, 30, 33, 66, 87-90, 95. Además de la calidad nacional 96.
La figura de Gran Hierofante de Degli Oddi se mantendría y le daría el grado último distintivo 97 a la cabeza mundial.
Poco antes, el 24 de septiembre de 1902, emitió una Carta Patente a Albert Karl Theodor Reuss para la constitución de un Gran Oriente y un Soberano Santuario para Alemania de "Memphis-Misraïm" 《(tanto para el Rito de Cerneau (Rito Oriental o Confederado) italiano, y en instancias de su reestructuración para el Rito de Memphis-Misraïm (Unificado)》.
Su propuesta de reestructuración será efectiva en 1910, no obstante permitirá que se siga trabajando el Rito de Cerneau Italiano y Confederado Itálico-frances con la denominación nueva de Memphis-Misraïm (en países hispanos y portugues por traducciones, se cambiará la denominación Misraïm por Mizraim y el muchos casos, por mantener en el nombre el distintivo "Oriental" diferenciando la herencia Itálico-frances de la nueva puramente francesa), agregando los grados 34 a 95 y su respectiva calidad nacional el grado 96.
Cambiará la denominación del Rito "Oriental Antiguo y Primitivo de Memphis y Mitzraim" por "Antiguo y Primitivo de Memphis-Misraïm (Menfis-Misraim en traducción castellana)". Para los que no cambiasen completamente a los Rituales de Unificación se les denominara "Oriental Antiguo y Primitivo de Memphis-Misraïm (Memphis-Misraim; Memphis-Mizraim; Memphis y Misraim o Memphis y Mizraim según la traducción)".
